Bei meinem Asus EeePC ist eine Webcam eingebaut. Nach Installation der Treiber für das USB Mikroskop und Anschluss am USB-Port und Druck auf die Taste Schnappschuss am Mikroskop war die Webcam aktiv, nicht aber das Mikroskop. Zwar konnte man mit der Taste Beleuchtung das Licht an- und ausschalten, aber das dazugehörige Bild war nicht da.

Die Lösung des Problems ist recht einfach: Netbook herunterfahren und neu starten. Beim Hochfahren fortwährend die F2-Taste drücken, um ins BIOS zu kommen. Dort unter "Advanced" zu "Onboard Devices Configuration", da unter "Onboard Camera" von "Enabled" auf "Disabled" stellen und mit F10 sichern. Nun ist die Kaera vom UAB Mikroskop aktiv.

Weiß nicht, ob das nicht auch "vernünftig" hinzukriegen ist...

Vermutlich erkennt das Capture-Programm vom Mikroskop bei Dir mehrere Twain-kompatible Geräte und hat per Default das falsche (nämlich die Webcam) aktiviert.
Schon mal probiert, in den Einstellungen des Programmes auf die andere Quelle umzuschalten?
Ich habe hier gerade das Mikroskop nicht zu Hand, aber die Software ist auf meinem Laptop installiert.
Im Menü unter "Devices" sollten alle angeschlossenen Geräte aufgeführt sein, die angeschlossen sind. Bei mir gibt es jetzt keine (nur die Soundkarte), aber bei Dir wird dort sowohl die WebCam (wenn im BIOS aktiviert) als auch das Mikroskop (wenn angeschlossen) auftauchen. Einfach mal umschalten, so würde ich erwarten, dass es geht...